Mag. Werner absolvierte die Theresianische Militärakademie und wurde als Berufsoffizier in das österreichische Bundesheer übernommen. Erst später folgte er dem Ruf, Priester zu werden - am 29. Juni 1977 wurde er in St. Pölten zum Priester geweiht. Papst Johannes Paul II. ernannte ihn 1992 zum Titularbischof von Aeca in Apulien. Ferner bestellte Johannes Paul ihn zum Koadjutor-Militärbischof von Österreich. 1994 wurde Christian Werner Nachfolgder des verstorbenen Bischofs Alfred Kostelecky als Militärordinarius in Österreich. Werner wurde am 11. Oktober 1997 durch den Papst auf das Titularbistum Wiener Neustadt transferiert. Er wirkte als Militärbischof bis zu seinem Rücktritt aus gesundheitlichen Gründen im April 2015, als Papst Franziskus seinen Rücktritt annahm.

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